La FGNE, con dependencia directa de la Comandancia General de Infantería de Marina como Jefe de la Fuerza de Infantería de Marina, constituye la unidad fundamental de la capacidad de Guerra Naval Especial de Armada y de su aportación a las operaciones especiales conjuntas. Guerra Naval Especial (GNE) se define como el conjunto de operaciones especiales que se ejecutan, principalmente, en el ámbito marítimo, marítimo -terrestre o en apoyo a las operaciones navales.
Es por tanto una especialización de las Operaciones Especiales que exige ser capaz de realizar todo tipo de operaciones especiales estando basada la Unidad en la mar lo que exige unas habilidades y características de los materiales singulares y que no excluye la capacidad para operar en el ámbito terrestre.
La FGNE está capacitada para realizar todos los cometidos doctrinales de Operaciones Especiales. Las capacidades de la FGNE se ven incrementada por la acción de las dotaciones y aeronaves de la Flotilla de Aeronaves de la Armada cualificadas para Operaciones Especiales Aéreas y el apoyo de submarinos y buques y del Grupo de Apoyo Especializado (GAES) compuesto por unidades de la Brigada de Infantería de Marina Tercio de Armada y de la Fuerza de Protección que le aportan capacidades complementarias.